Станция организована в марте 1886 года Министерством Путей Сообщения (МПС) России.
С апреля 1886 года по октябрь 1888 года наблюдения проводились по программе метеоростанции 3-го разряда (М-Ш). После сорокалетнего перерыва, в августе 1923 года наблюдения по программе М-Ш были продолжены. Наблюдения проводились при городской школе, в школьном саду, вдоль которого с северо-запада и юга тянулись городские улицы, а с востока, сразу за садом, начинались поля.

В 1937 году в 1 километре к юго-западу от г.Крестцы, на хуторе Язево была оборудована метеорологическая станция 2-го разряда (М-П), которая приступила к регулярным наблюдениям 1 сентября 1937 года. Метеорологическая площадка находилась в поле на ровном, открытом месте, в 150 метрах от полотна железной дороги.

В августе и сентябре 1941 года, в связи с приближением линии фронта, наблюдения не проводились, станция готовилась к эвакуации. Но фронт до Крестец не дошел, враг был остановлен на линии озеро Ильмень – поселок Лычково – озеро Селигер. Район стал прифронтовым, а станция продолжила наблюдения. Сводки о погоде регулярно передавались командованию Северо-Западного фронта и воинским частям. В июле 1942 года станция была перенесена на 3 километра к северо-востоку, на северную окраину города Крестцы, в так называемую Ямскую Слободу. В 1963 году для метеостанции был выстроен сборно-щитовой служебно-жилой дом, и с 1 января 1964 года метеонаблюдения стали проводиться на новой метеоплощадке, расположенной в 900 метрах к юго-западу от прежней, на южной окраине Ямской Слободы, на склоне левого берега реки Холова.

В 1928 году на метеостанции были организованы агрометеорологические наблюдения по полной программе, которые проводились до августа 1941 года и были возобновлены в 1943 году.